擁有一切的男子都俊，妻子和小孩都在國外生活，也因此他的疑心病變得更重了。某日他一個人喝完酒徘徊時，遇到了一位謎樣的女子世蓮，陷入她的魅力之中的都俊也因此卷入了某起事件……

　　故事講述了一個簡單又驕傲的牧場主，為了經濟利益和兒子一起謀殺了妻子。而在埋葬其尸體時，他發現自己被老鼠恐嚇，并確信妻子并沒有放過他！

　　由國王Terak和女巫Charal所帶領的掠奪者軍隊襲擊了伊渥克族人的村莊。Cindel的父母和兄弟全都死于這場襲擊。Cindel與一個伊渥克族人Wicket逃了出來。在一片森林里，他們遇見了Teek這只非常淘氣也非常敏捷的野獸。Teek把他們二人帶來一位老人Noa的住處。而這位Noa有著與Cindel相似的經歷——他乘坐的星際巡洋艦也墜毀在了恩多上。大家齊心合力對抗Terak和Charal。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。