ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった?！　ˉē辚ⅴ箠椕盲系厍颏挝Cを察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった?！　∵z跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

 在系列終章中，幸存者們將面對蒙面陌生人的新威脅。隨著秘密浮出水面，現實與危險的界限逐漸模糊，他們的生存之戰也愈發兇險。

　　以乳鴿店立身的安德森（曾志偉 飾）赴上海創業，卻迷上炒房，將妻子氣死也未思悔改，這天安德森在影院偶然聽到代言新樓盤“碧水云居”的過氣演員潘志強（黃渤 飾）放出的“內部消息”，遂再次籌款預搶購新房。與此同時，新婚的昔日售樓小姐羅茜（姚晨 飾）為碧水云居付出五萬訂金后，驚系該樓盤周邊林立各污染源。潘志強擔任樓盤主持嘉賓并為售樓公司鞍前馬后，只希望對方能為自己的新片注資，不料卻被要求退還訂金的羅茜糾纏，潘志強心生一計，令羅茜將房轉賣安德森，事成后自食其言拒退訂金，羅茜無奈只得曝光樓盤內幕，結果引發連串反應，使潘志強與安德森發現自己陷入了開發商之局，于是各人苦思脫身之法……

 動畫《交響詩篇》的劇場版動畫《交響詩篇 超進化》續作預計于11月10日正式上映，正式片名定為《ANEMONE/交響詩篇超進化》，宣傳PV今日公開。故事以TV動畫《交響詩篇》中最初的東京為舞臺，故事主要圍繞7年前喪父的安妮莫奈展開。