以成為神奇寶貝大師為目標，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業之旅，今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮。在當地一對小兄妹的介紹下，小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻，掌管時間的迪亞魯加和守衛神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，創造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不僅會使時空扭曲錯亂，還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。

　　講述了一群性格迥異的角色圍繞一件罕見的美洲原住民文物展開激烈爭奪的故事，在這件文物流入黑市后，一位懷揣夢想的靦腆女服務員（西德尼·斯維尼 Sydney Sweeney 飾）與一位渴望愛情的退伍軍人（保羅·沃爾特·豪澤 Paul Walter Hauser 飾）聯手，試圖將其據為己有，卻因此成為冷酷罪犯（埃里克·迪恩 Eric Dane 飾）的目標，而他正為一名西部古董商人（西蒙·雷克斯 Simon Rex 飾）效力。隨著更多人卷入這場爭斗，血雨腥風接踵而至。

　　勞倫茲曾是百老匯作詞家第一把交椅，卻在與理查德拆伙后事業跌落低谷。前搭檔新作的首演之夜，他故作大方獻上祝福，新仇舊恨交織下，終究不歡而散；他轉向忘年好友伊麗莎白尋找慰藉，又不禁懷疑友達以上的關系是否只是自作多情。偌大派對就像如今的百老匯，早已沒他的容身之處。過了今晚，美國音樂劇的黃金年代就要展開，他的盛世卻再也回不來，當最后一曲〈藍月〉響起，即便成了終曲，也要忘情歌頌。

　　一晃十年過去，地球人和蟲族的戰爭如火如荼，愈演愈烈。某日，空軍元帥奧瑪?阿諾克（斯蒂芬?霍根 Stephen Hogan 飾）來地球人的遠方農場羅庫山視察，時任上校的強尼?瑞克（加斯帕?范?迪恩 Casper Van Dien 飾）也一同前來。在此期間，阿諾克的心智被蟲王操控，他切斷了隔離區的電力，使基地完全失去保護。是夜，蟲族對隔離區發動總攻，地球軍雖頑強抵抗，終因寡不敵眾而告敗，基地陷落。阿諾克則和一干心腹逃離，飛船迫降在OM-1行星。　　瑞克因失職被軍事法庭判處絞刑，行刑之際被政府秘密部門救下。阿諾克知曉聯邦艦隊基地所在地的秘密，一旦被蟲族得知將不堪設想。因此政府高層要求瑞克帶上一隊人馬，前去營救受困的阿諾克……