以成為神奇寶貝大師為目標，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業之旅，今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮。在當地一對小兄妹的介紹下，小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻，掌管時間的迪亞魯加和守衛神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，創造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不僅會使時空扭曲錯亂，還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。

在S縣暑海市發生了一起連環失蹤案件，受害者的遺體竟然都在海中被發現。為了揭開真相，警察署長與海洋生物學博士聯手展開調查，最終他們發現，遠古鯊魚通過溫泉來回穿梭，襲擊了無辜的市民…

　　民國年間，張千月（楊坤銳飾）新婚之后進省城投奔同鄉王明堂（李運佳飾），不成想晚上房間內發現床下有一個死尸，大批警察帶走了旅社老板宋成安（周舟飾）、老板娘翠姐（黃娟飾）、住客顧滿倉（王淵飾）、孫興福（王正佳飾）、梁程思（劉錦飾）、門房老胡（季李飾）及房間內的張千月與王明堂。鄉下的新婚妻子白秀英（何乙軒飾）與老父親張廣林趕至省城聽審，老父親接受不了這個嚴重的打擊氣絕身亡。這里面有不可告人的秘密。傳說冤魂索命，這個事情不簡單。一間旅館、一個女尸、一群平民引發了一個意料之外的故事，展現了民國時期，灰暗的年代，軍閥割據，官匪勾結，生活在社會底層的各種普通百姓，掙扎在水深火熱之中，各種生活的無奈與社會現實的交織，人為了生存所做的一切掙扎.....一個投親的少女靈芝（張依珂飾）引發了當地惡霸朱天久（李延飾）皮三（邊防飾）殘忍殺戮，牽扯無辜百姓，勾結當地警長康大鵬（周小鵬飾）利用貪官（高果飾）歪曲事實，殘害無辜百姓，法官（常征飾）（杜伯飾）命懸一線。關聯人李婉兒（李一明飾）四散逃命，江湖騙子（孔慶三飾）渾水摸魚。更牽動大批愛國志士（許諾飾）（張玥飾）刺殺大帥龐金龍（張京海飾）督軍孫連勝（呂一丁）為百姓申冤報仇！這一切的來龍去脈都由一名說書人（徐福來飾）娓娓道來。

　　一個8歲的女孩神秘地消失在卡多湖上，一系列過去的死亡和失蹤開始聯系在一起，永遠改變了一個破碎家庭的歷史。