經過長時間的休整，治療眼傷的瀨文焚流（加瀨亮 飾）終于隨著當麻（戶田惠梨香 飾）重返闊別已久的未詳，只是此時來自公安部公安五課的市柳（でんでん 飾）和吉川（北村一輝 飾）握得實權，令瀨文等人頗為氣悶。與此同時，在市井算命的覺被一掌握瞬間移動能力的黑衣男子射殺，同時遇害的還有覺的保鏢以及幾名無辜市民。父母雙雙遇害而作為幸存者并且目擊了黑衣人真實容顏的少女久遠望（谷村美月 飾）便成為對方追殺的目標。為了保護小望，未詳同仁通力合作，并持續追索黑衣人的真面目以及其背后的陰謀。在此期間，當麻也展示了其不為人知的SPEC。一場斗智斗勇的戰斗拉開了序幕……

主人公賢示自幼飽受性別認同困擾，卻始終未放棄成為偶像的夢想。醫生和田在與賢示相遇后，首次直面性別認同障礙的現實，并以賢示為首例親自主刀的性別重置手術患者。一個選擇活出自我，一個探索“真正的醫療”，兩人在偏見與孤獨中建立起深厚信任與羈絆。                                                                      　　本片改編自春菜愛與和田耕治的原著，講述開啟禁忌手術之門的真實故事。

　　西暦1988年。人類は謎のUFO群の襲來により危機に瀕していた。人類の存亡をかけ、南海の秘密基地で建造されていた國連宇宙防衛艦?轟天は発進する。侵略者の正體は、太陽系から2萬2千光年離れたメシエ13と呼ばれる球狀星団?恒星ヨミの第三惑星人だった。彼らは年老いた母星そっくりの地球を征服すべく、指揮官ヘルのもとに金星に侵略の前線基地を築いていた。敵ヘルファイターとの激しい戦闘をくり返し、金星に向かう轟天。しかし、その前に敵の超努級戦艦?大魔艦が立ちふさがる……。

 “反轉世界”是存在于這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是騎拉帝納棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰斗造成了時空的扭曲，“反轉世界”也因此完全被陰霾籠罩。由于自己的世界被污染而被激怒的騎拉帝納找到了帝牙盧卡，并想將其拖入反轉世界中。 　　“現實世界”，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有“花媚”之稱的感謝神奇寶貝潔咪。被卷入帝牙盧卡和騎拉帝納的戰斗的潔咪在千鈞一發之際從反轉世界逃出。小智一行帶著精疲力竭的潔咪前往神奇寶貝中心。 潔咪用心電感應將小智一行帶到了它的“葛拉西蒂亞花(グラシデア)花田”，并告訴他們在這“葛拉西蒂亞花”中隱藏著巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉潔咪的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了“次元旋渦”，將火箭隊、潔咪連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。 　　從次元旋渦中脫出的小智一行人環顧四周，這里是倒立著一排排建筑物，空中處處漂浮著烏云的，廣大而不可思議的反轉世界。 　　就在這時，騎拉帝納突然出現，向潔咪發動攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫穆玄·葛雷斯藍多的學者，他告訴小智等人不可以讓騎拉帝納生氣。 　　正在小智一行在穆玄·葛雷斯藍多的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦“百萬力霸”的謎之青年，杰洛出現了。和潔咪一起繼續著探索花園之旅的小智一行沒能逃過杰洛的追蹤。 　　前所未有的冒險之旅的高潮，等待著你的是超越想像的“美麗奇跡”!